[Shift]+[Ctrl]キーを先に押すためIMEとATOKが切り替わっていたようです。
この問題に対する対処方法は簡単で、コントロールパネルの「地域と言語のオプション」で「言語」他部を選択し、「テキスト サービスと入力言語」の「詳細」ボタンをクリックします。そして、「設定」タブの中の「基本設定」にある「キーの設定」をクリックし、「入力言語を切り替える」のキーシーケンスを「(なし)」に設定すれば対応できます。