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IEでの解決方法はサブミットの瞬間だけページ全体の charset の指定を入れ替えると言う方法です。
form の Submit は使わず JavaScript の submit() を使います。

シフト JIS ページのフォームからターゲットの CGI に EUC-JP で送信したいのであれば、サブミットする直前に
document.charset=’EUC-JP’; を記述し
★.submit();
サブミット終了後に
document.charset=’shift_jis’; と記述し元に戻せば良いのです。

任意のコードのページで利用したければ
org_chr=document.charset; で元のコードを取得し、変数 org_chr に保存
document.charset=’EUC-JP’;
★.submit();
サブミット終了後に
document.charset=org_chr; と記述し書き戻した方が汎用性はあるでしょう。

切り替え中に多少画面がゆれる場合も有りますが、何とか許容出来る範囲でしょう。